علت اصلی همه این فجایع سو مدیریت کلان چهل ساله در کشور است که در مورد زاینده رود بصورت ذیل می باشد.
• خط لوله انتقال آب زاینده رود به قم و ساختن شهرک های مسکنی متعدد نظیر شهرک صنعتی محمود آباد قم، شهرک مهدیه، شهرک خودرویی، شهرک شهدا، مجتمع هزار واحدی طلاب، مسکن مهر قم، مجتمع مسکونی شهید هاشمی نژاد، شهرک قدس، شهرک کریمی، شهرک زین الدین، شهرک ولایت و غیره)
• خط لوله اول انتقال آب زاینده رود به استان یزد و استفاده در پروژه های صنعتی نظیر فولاد سازی و کشاورزی،
• خط لوله دوم انتقال آب زاینده رود به یزد،
• خط لوله انتقال آب زاینده رود به کرمان و رفسنجان به قطر لوله حدود دو متر،
• خط لوله انتقال آب زاینده رود به کاشان،
• کشت محصولات با نیاز آبی بالا مانند برنج و هندوانه،
• برداشت بیرویه آب در مسیر رودخانه در محدوده سد تا پل کله توسط پمپاژ
• استقرار صنایع بزرگ نظیر ذوب آهن و فولاد مبارکه، پالایشگاه، نیروگاهها در کنار رودخانه.
• تامین آب آشامیدنی شهرک بهارستان – اصفهان از زاینده رود،
• و غیره،
در ضمن با تلاق گاوخونی در انتهای رودخانه زاینده رود کاملا خشک شده است.
عمده این مسائل توسط “مافیای سد سازی و انتقال لوله آب” انجام شده که جهت مطالعه، و ساخت سد و خطوط انتقال آب هزاران میلیارد تومان به جیب آن می رود و در وزارت نیرو استقرار دارد و ایران را با سد سازی های بی رویه و خطوط انتقال آب کاملا خشک کرده است.