ابراهیم رئیسی روز جمعه ۲۵ فروردین ماه ۹۶، با حضور در ساختمان وزارت کشور، برای شرکت در انتخابات ریاست جمهوری به عنوان کاندیدا ثبت نام کرد.
او از سال ۱۳۸۳ تا سال ۱۳۹۳ به مدت ۱۰ سال معاون اول قوه قضائیه بود و از سال ۱۳۹۳ تا ۱۳۹۴ نیز دادستان کل کشور شد. وی همچنین دادستان دادگاه ویژه روحانیت است و ۱۷ اسفند ماه ۱۳۹۴ با حکم آیت‌‌الله خامنه‌ای به تولیت آستان قدس رضوی یکی از ثروتمندترین و قدرتمندترین نهادهای غیرشفاف در جمهوری اسلامی منصوب شد. بیشترین بخش از دوران مسئولیت‌‌های اداری ابراهیم رئیسی در قوه قضائیه جمهوری اسلامی سپری شده است. او از ابتدای دهه شصت در سمت‌های قضائی-امنیتی مشغول به کار بود. در جریان اعدام زندانیان سیاسی در سال ۱۳۶۷ او از اعضای گروه موسوم به «هیات مرگ» بود و درباره مرگ و زندگی زندانیان سیاسی تصمیم گیری می‌کرد.
نسرین ستوده، وکیل سرشناس ایرانی در مصاحبه با کمپین به کارنامه ابراهیم رئیسی در دادگاه ویژه روحانیت اشاره کرد و گفت: «دادگاه ویژه روحانیت، موازین حقوقی و قانونی را به مراتب بیشتر و شدیدتر از دادگاه انقلاب نقض می کند. دادگاههای ویژه روحانیت بیش از دادگاههای انقلاب در پشت درهای بسته تشکیل می‌شوند و به همان میزان اندکی که در دادگاههای انقلاب بعد از ۴۰ سال تلاش فعالان حقوق بشر به خانواده ها اجازه حضور در دادگاهها و پی گیری پرونده اعضای خود داده می‌شود این امکان در دادگاه ویژه روحانیت اصلا وجود ندارد. ورود بستگان متهم به این دادگاه با موانع بسیار شدیدی مواجه است به طوری که بسیاری از خانواده‌ها برای پی‌گیری پرونده عضو خود امکان ورود به دادگاه ویژه روحانیت را ندارند.»
خانم ستوده گفت: «از طرف دیگر وکلایی که حق وکالت در دادگاههای ویژه روحانیت را دارند وکلای خاصی هستند که حتما هم باید روحانی باشند و دادگاه ویژه روحانیت، خودش این وکلا را انتخاب می‌کند. مجموعا احکامی که از این دادگاهها در پشت درهای بسته و مطلقا غیرعلنی دادگاهها صادر شده احکام نوعا سنگینی بوده مثل حکمی که برای آقای یوسفی اشکوری صادر شد یا حکم آقای کاظمینی بروجردی و در ماههای اخیرهم حکمی که برای آقای احمد منتظری صادر کرده اند. این دادگاه به ویژه نشان داده که در مسائل سیاسی به مراتب سختگیرانه تر از دادگاه انقلاب رفتار می‌کند و کلیه معیارهای مربوط به معیارهای حقوق بشر را با بی‌پروایی نقض می کند.»
نسرین ستوده «دلیل این بی پروایی را پنهان بودن همه فعالیت های این دادگاه» دانسته و گفت: «این طبعا کارنامه کسی مثل آقای رئیسی محسوب می‌شود که هیچ ابایی ندارد و این دادگاه را کاملا در یک تاریکخانه ای قرار داده که از دید و انظار افکار عمومی کاملا برکنار باشد. شما هرگز برخورد نکردید به اینکه وکیل یا کسی بیاید نکات حقوقی که در آرای حقوقی این دادگاه وجود دارد را به نقد حقوقی بگذارد برای اینکه اساسا هرگز نگذاشته اند وکلای مستقل وارد این دادگاهها شوند.»
خانم ستوده گفت: «این کارنامه آقای رئیسی است و اگر به این کارنامه سابقه دهه ۶۰ را اضافه کنیم ایشان هرگز نخواسته که در قبال کارهایش پاسخی بدهد اما بعد از انتشار فایل صوتی آقای منتظری، ایشان آمد و از آن کارها دفاع هم کرد و به هیچ عنوان مداخله خود در آن جریان را انکار نکرد. همه اینها روی هم کارنامه خیلی بدی را برای ایشان رقم می زند و صلاحیت ایشان با هیچ منطقی نباید تایید شود تا وقتی دست کم به مسائل دهه ۶۰ رسیدگی نشده و ثابت نشده که ایشان دست نداشته است. چون الان ما یک فایلی داریم که نشان می دهد ایشان دستی دارد. تا بی اعتباری این مدارک و برائت ایشان صادر نشود نمی توان فکر کرد هیچ اتفاقی نیفتاده و آبی از آب تکان نخورده و ایشان بیاید کاندیدای ریاست جمهوری شود.»
سایت و کانال تلگرام بیت آیت الله منتظری ۱۹ مرداد ماه ۱۳۹۵ یک فایل صوتی منتشر کردند که به جلسه ۲۴ مرداد ۱۳۶۷ آیت الله حسینعلی منتظری، قائم مقام وقت آیت الله خمینی، با چند تن از مقامات عالی رتبه قضایی وامنیتی موسوم به «هیات مرگ» مربوط است. آیت الله حسینعلی منتظری در این فایل صوتی اعدام‌های مرداد ماه ۱۳۶۷ را جنایت خوانده و گفته است: «بزرگترین جنایتی که در جمهوری اسلامی شده و تاریخ ما را محکوم می‌کند به دست شما انجام شده و شما را در آینده جزو جنایتکاران در تاریخ می نویسند.» در آن جلسه چهار مقام قضایی به اسامی حسینعلی نیری، مرتضی اشراقی، مصطفی پورمحمدی و ابراهیم رئیسی حضور داشتند و مخاطب آیت الله منتظری بودند. این چهار تن اعضای گروهی بودند که در مورد حیات و مرگ چندین هزار زندانی سیاسی در سال ۱۳۶۷ تصمیم گیری کردند.
ابراهیم رئیسی یکی از مخاطبان اعتراض آیت الله حسینعلی منتظری به اعدام‌های سال ۱۳۶۷ در فایل صوتی است که انتشار آن پس از ۲۸ سال در ۱۹ مرداد سالجاری سبب محاکمه احمد منتظری شد. ابراهیم رئیسی که در جریان اعدام زندانیان سیاسی در سال ۱۳۶۷ عضو «هیات مرگ» بود، اکنون «دادستان دادگاه ویژه روحانیت» یعنی همان دادگاهی است که فرزند آیت الله منتظری را به خاطر انتشار فایل صوتی به زندان محکوم کرد.
احمد منتظری ۲۰ فروردین ماه در مصاحبه با کمپین کاندیداتوری ابراهیم رئیسی در انتخابات ریاست جمهوری را یک شوخی شبیه و توهین به ملت ایران دانسته و گفته بود: «این مساله بیشتر شبیه یک شوخی است. آقای رئیسی که یک روز هم تجربه کار اجرایی ندارد چطور می‌خواهد رئیس دستگاه اجرایی شود؟
در قوه مجریه شخصیت‌های فراوانی از جناح‌های مختلف سیاسی وجود دارند که بعضاً دهها سال سابقه مدیریت اجرایی دارند. کاندیدا شدن آقای رئیسی توهین به تمامی آن شخصیت‌ها و توهین به ملت ایران است. شرکت مستقیم و بدون انکار ایشان در کشتار تابستان۶۷ مساله ای بسیار بااهمیت هست. اگر یکی از کاندیداها یکبار به شخصی با چاقو حمله کرده باشد موفق نمی‌شود از مراجع قانونی گواهی عدم سوء پیشینه بگیرد. تکلیف ایشان که کاملاً روشن است.»
