در آغاز سومین روز کار کنگرە، نخست ۴ نفر از اعضای کنگرە بعنوان سخنران پیش از دستور سخنرانی کردند. آن آقای ناصر مؤذن، یکی از اعضای هییت نمایندگی حزب تودە ایران، پیام این حزب را برای شرکت کننندگان در کنگرە قرائت کرد. 
از آن پس کنگره به رسیدگی به موضوعات در دستورش پرداخت که نخستین مورد آن تصمیمگیری روی طرح جدید آیین نامە گنگرە بود. کنگرە پس از رسیدگی به پیشنهادها طرح آرائه شده را با دادن رأی تمایل به آن مورد تأئید قرار داد. وضع آرا در این مورد به قرار زیر بود: موافق: ۷۷ درصد، ممتنع ۲۳ درصد، بدون مخالف. به این ترتیب کنگره آتی بر مبنای این طرح تدارک خواهد شد، در عین حال کنگره لزوم اعمال تغییراتی در آن را مورد تأکید قرار داد. در آئین نامه جدید پیش بینی شده است که هر کنگره هیئتی را برای کنگره پس از خود انتخاب خواهد کرد. بنابراین در همین کنگره دوازدهم هیئت تدارک کننده کتگره ۱۳ نیز انتخاب خواهد شد. پس از این، نوبت به طرح “اولویتهای فعالیت سازمان در دور آتی” رسید. مخبر “کمسیون اولویت ها” گزارشی از روند رسیدگی بە سند مذکور را بە اطلاع کنگرە رساند. این گزارش با تصریح توافق با طرح اولیه ارائه شده به کنگره، حاوی چندین طرح مشخص اجرائی نیز بود. کار کنگره در صبح روز سوم با توضیحات مخبر کمیسیون در مورد این طرحها و پاسخ به سؤالات حاضران خاتمه یافت. کار رسمی کنگره در بعدازظهر روز سوم با بررسی طرح سند سیاسی مصوب کمیسون سیاسی تداوم یافت. در این قسمت ابتدا گزارش کار کمیسیون توسط مخبر آن بە کنگرە دادە شد. آنگاە مخبر و نیز یکی دیگر از اعضای کمیسیون، به پرسشهای متعدد حاضران راجع بە سند توضیح و پاسخ دادند. پس از اظهار نظر تعدادی از موافقان و مخالفان طرح سند سیاسی مصوب کمسیون، رای گیری روی کلیات سند صورت گرفت. اما آرای لازم برای تبدیل شدن بە سند مبنا را کسب نکرد. در نتیجە سند سیاسی پیشنهادی شورای مرکزی، که در روز نخست به عنوان سند مبنا تعیین شده بود، جهت تدقیق دوبارە در اختیار کمسیون سیاسی منتخب کنگرە قرار گرفت. کنگرە از کمسیون خواست تا این سند را بر اساس تمایل کنگرە تدقیق و تنظیم نماید.
آنگاە مسئول کمسیون طرح سند “سیما، ارزشها و نگاە سازمان …” درمورد روند رسیدگی بە پیشنهادات اصلاحی اعضای کنگرە در کمسیون توضیح و بە سوالات مطروحه پاسخ داد. آنگاە تعدادی از اعضا در مخالفت و موافقت با این یا آن بند طرح سند اظهار نظر کردند. در پایان پیشنهاد شد که کنگره به جای رسیدگی به پیشنهادهای تفصیلی و جزئی، تصمیمگیری در مورد طرح سند را به گرفتن رای تمایل روی آن محدود کند و از شورای مرکزی منتخب خود بخواهد که با انجام کار تکمیلی و تدقیقی روی آن، نتیجه را به کنگره آتی ارائه دهد. بە دلیل پایان یافتن ساعت کار رسمی کنگرە تصمیمگیری در این باره بە روز بعد موکول گردید. پیام احزاب خارجی علاوە بر احزاب و سازمانهای ایرانی، تعدادی از احزاب چپ خارجی نیز بمناسبت بر گزاری کنگرە ۱۲ سازمان، برای کنگرە پیام تبریک ارسال کردند. حزب چپ آ لمان حزب چپ سوئد حزب کمونیست اسپانیا جبهە متحد چپ اسپانیا حزب کمونیست فرانسە حزب کمونیست کردستان عراق (تشکیلات خارج از کشور) احزابی هستند کە تا کنون برای کنگرە پیام ارسال کردە اند. ضمناً علاوه بر احزاب و سازمانهای ایرانی مذکور در گزارشهای روز نخست و دوم، سازمانهای زیر نیز به کنگره ۱۲ سازمان پیام فرستاده بودند، اما نماینده ای از آنها در کنگره حضور نداشت: – حزب دموکراتیک مردم ایران -جبهه متحد بلوچستان ایران -شورای هماهنگی جمهوریخواهان دموکرات و لائیک ایران -مجامع اسلامی ایرانیان برنامه فوق العاده سومین روز کنگره: خشونت علیه زنان برگزاری میزگرد یا سمینارهای تماتیک حدوداً دو ساعته در پایان وقت رسمی کنگره به تدریج به رسمی پایدار در کنگره های سازمان تبدیل می شود. میزگرد سازمان یافته برای سومین شب کنگره به موضوع خشونت علیه زنان، از جمله در سازمانهای سیاسی اختصاص داشت. در این میزگرد، به گردانندگی رفیق آینده آزاد، که از قبل پیش بینی و سازماندهی شده بود، خانم رضوان مقدم، پژوهشگر و فعال جنبش زنان، خانم شیرین فامیلی، خبرنگار و فعال جنبش زنان، رفیق حسن نایب هاشم، پزشک و فعال حقوق بشر، رفیق حسن زهتاب، روانپزشک و فعال سیاسی و رفیق مناف عماری، وکیل و فعال سیاسی حضور داشتند.
نامبردگان به ترتیب سخنرانی شان: رفیق نایب هاشم بر تعریف و مصداقهای عام “خشونت علیه زنان”، چنان که در اسناد سازمان ملل به دست داده شده اند، مکث کرد. خانم مقدم بر مصادیق خاص خشونت علیه زنان و ابعاد خشونت مکث کرد و بر عرصه معینی از آن یعنی خشونت خانگی” نیز لختی درنگ کرد. رفیق عماری از زاویۀ حقوقی به موضوع خشونت خانگی پرداخت و نمونه های زنده ای را از تبعیض در احکام و محاکم ایران نسبت به زنان در رسیدگی به خشونت ارائه کرد. خانم فامیلی مبتنی بر تجربیات خود و نیز کار پژوهشی بر وجود خشونت علیه زنان در سازمانهای سیاسی تأکید کرد و گونه های این واقعیت را به دست داد. رفیق زهتاب از منظری روانشناختی به موضوع خشونت و علل ممکنه آن نگریست. خشم را که می تواند به خشونت بیانجامد مهارپذیر دانست و راه های عملی برای مهار خشم به دست داد. این برنامه با تأکید و امید شرکت کنندکان در میزگرد برای تداوم نظایر آن و در استقبال شایان کنگره خاتمه یافت.
