فاطمی در انتخابات دوره هفدهم مجلس شورای ملی به نمایندگی مردم تهران انتخاب شد و در مهرماه ۱۳۳۱ پست پراهمیت وزارت خارجه به او سپرده شد و بدستور دکتر مصدق امر پر اهمیت قطع روابط ایران وانگلیس را در روز سی ام مهرماه ۱۳۳۱ به عهده گرفت و از همین جا کینهً عمیق فاطمی در دل تایمز نشینان پدید آمد.
دکتر مصدق گفته است که «اگر ملی شدن صنعـت نفت خدمت بزرگی است که به مملکت شده، باید از آن کسی که اول این پیشنهاد را نمود سپاسگزاری کرد و آن کس شهید راه وطن دکتر حسین فاطمی است.»
دکتر فاطمی در کودتای نافرجام نیمه شب بیست وپنجم مرداد ماه ۱۳۳۲ بوسیله گارد شاهنشاهی بنحو اهانت آمیزی بازداشت شد ولی سحرگاهان پیروزمندانه به خانه اش باز گشت. پس از کودتای آمریکایی ـ انگلیسی ۲۸ مرداد ۳۲ دکتر فاطمی نزد دوستانش در خفا بود تا بالاخره روز ۶ اسفند ماه ۳۲ دستگیر شد.
فاطمی در دفاعیه خود در دادگاه نظامی گفت:
«…باید پرسید که ما به آسایش عامه چه صدمهای وارد آوردیم؟، به جان چه کسی سوء قصد نموده ایم؟، مال چه کسی را به غارت برده ایم وبه چه وسیله «آسایش عامه» را مختل ساخته ایم؟.
ازاین بگذریم که به کیفر رسانیدن ما چه ارتباطی با تأمین تمامیت و استقلال کشور دارد؟
مگرآنکه دلایل معروف «دیوان بلخ» را در نظر بیاوریم و همینطور مطلب را دست بدست بگردانیم تا به «تمامیت و استقلال کشور» برسیم…
روزی که من به قول خودتان وزیر بوده ام، شبانه سر و پای برهنه دستگیر و مثل پست ترین بردگان و غلامان به گوشهای افکنده شدم ( اشاره فاطمی به کودتای ۲۵ مرداد است) بعد هم که باز به قول خودتان کارهای نبوده ام و نیستم، [پس چگونه] در خور یک همچو رفتار عادلانه ای هستم؟!
پس شما که تا این حد نیز حفظ ظاهر را مقتضی نمیدانید چرا دیگر یک سلسله تشریفات زایٔد را فراهم میسازید و زحمت بیهوده میکشید که صورت قانونی به کار بدهید.
آنهایٔیکه یک همچو صحنه سازیها را متحمل باشند، باطن و ظاهر کارشان کم و بیش متفاوت است. من که زیر سقف شهربانی از تماشاچی به قول شما و از چاقوکشهای بنام بنا بر آنچه که تمام یک پایتخت ناظر و شاهد بود، ضربات بی حساب دشنه خورده ام و از ادعانامهای هم که به دادگاه آمده، دهها و صدها فحش دریافت داشته ام، آیا میتوانم یک لحظه اشتباه کنم که باز قانون و رسیدگی در کار است؟
حالا اگر شما اصرار دارید که من خود را به بلاهت بزنم و سال نیکو را از بهارش بشناسم حرفی ندارم که این نمایش کمدی – تراژدی را تا آخرین پرده اجرا نمایم.»
فریدون مظاهر تهرانی که شاهد و ناظر ماجرای چاقو زدن به دکتر فاطمی بوده است در روزنامه شرق می نویسد:
«در یکى از روزهاى اسفندماه سال ۱۳۳۲ خورشیدى (احتمالاً شش اسفند) درحالى که نوجوان ۱۷ساله اى بودم و به علت معالجه بیمارى تراخم چشم مدتى بود ترک تحصیل کرده بودم جهت دیدار پدرم که افسر شهربانى بود و در اداره کارپردازى آن موقع واقع در کاخ شهربانى کار مى کرد به محل یاد شده رفته بودم و به توصیه پدرم در تراس و پاگرد ورودى کاخ شهربانى قدم مى زدم و منتظر پدرم بودم که ناگهان اتومبیل جیپى جلوى پلکان کاخ مذکور متوقف شد و درحالى که یک نفر نظامى در جاى راننده و نفر دیگرى در کنار وى بود از عقب جیپ مذکور یک نفر غیرنظامى را که ربدوشامبر تیره رنگ به بر و دمپایى به پا داشت و داراى ریش توپى سیاه رنگى بود درحالى که از جلو به دستانش دستبند زده بودند از جیپ پیاده کرده و او را از پلکان به بالا آورده و سپس از در ورودى داخل سرسرا و هال کاخ شهربانى شده و به انتهاى هال رفته و از طریق پله هاى موجود در کنار اداره مستشارى آن موقع شهربانى یاد شده را به طبقه بالا (دوم) اتاق مخصوص رئیس کل شهربانى بردند.
موقعى که شخص دستگیر شده را از کنار من عبور مى دادند متوجه رنگ زرد وى در قسمت گونه ها و پیشانى شدم و عده اى مى گفتند یاد شده دکتر فاطمى است.
مدتى بدین منوال سپرى شد. سپس دکتر فاطمى را به همان وضع که آورده بودند از طبقه بالا به پایین و هال و بعد به روى تراس و پله ها آوردند.
ناگهان مشاهده کردم در خیابان جلوى پله ها که آن وقت خیابان ملل متحد نام داشت شعبان بى مخ به اتفاق تعدادى از نوچه هاى خود که من برخى از آنها را مى شناختم و چاقو کش هاى حرفه اى بودند درحالى که نیم دایره اى تشکیل داده اند و هریک چاقوى برنده اى در دست دارند و به سبک مراسم عزادارى تظاهر به سینه زنى مى کنند بدون آنکه چاقو را به بدن خود فرو کنند شعار مى دادند: خدا، شاه ِ میهن (واژه شاه را با کسره ه تلفظ مى کردند.)
موقعى که مامورین، دکتر فاطمى را از پله ها پایین برده و وارد خیابان شدند و قصد داشتند او را سوار همان جیپ کذایى کنند و ببرند ناگهان شعبان بى مخ و یارانش با چاقوهاى برهنه به آن شادروان حمله ور شده و ضرباتى چند وارد کردند که بغتتاً خانمى که بعداً فهمیدم خانم سلطنت فاطمى خواهر دکتر فاطمى است و از طریق خبر رادیو مطلع شده بود که برادرش را دستگیر کرده و به محل دفتر فرماندارى نظامى تهران که آن موقع در داخل کاخ شهربانى بود آورده اند خود را به آن محل رسانده که مصادف با حمله اوباش و چاقوکشان به دکتر فاطمى شده و خود را سپر بلا کرده روى برادرش افکند و از ۱۶ ، ۱۷ ضربه چاقوى حمله کنندگان شش ضربه به دکتر فاطمى و ۱۱ ، ۱۰ ضربه به خانم سلطنت فاطمى وارد شد.
مامورین به صورت بهت زده ناظر جریان بودند و هیچ گونه اقدامى در جلوگیرى از عمل چاقوکشان به عمل نمى آوردند. در نتیجه مردمى که در خیابان به مناسبت واقعه ازدحام کرده بودند وقتى که فهمیدند مضروب دکتر فاطمى است اعتراض و شروع به انتقاد از عمل مهاجمین کردند که به ناچار چند مامور دیگر از داخل کاخ شهربانى خارج شده و به کمک مامورین قبلى دکتر فاطمى را درحالى که روى زمین افتاده بود و خون از بدنش جارى بود با همان جیپى که آورده بودند از محل دور کردند و خواهر دکتر فاطمى را عده اى از مردم از محل دور کرده و بعداً فهمیدم به بیمارستان نجمیه برده اند.»
ساعت چهار و هفت دقیقه بامداد روز چهارشنبه نوزدهم آبان ماه ۱۳۳۳ تیمور بختیار فرماندار نظامی و سرتیپ آزموده دادستان ارتش به زندان رفتند و حکم اعدام دکتر حسین فاطمی را در لشکر دو زرهی به وی ابلاغ کردند.
و به او اجازه دادند که با یاران زندانی دیگرش آقایان مهندس رضوی و دکتر شایگان ملاقات کند.
در این ملاقات دکتر فاطمی با صدائی محکم و امید وار گفت:
«گذشتن از این جهان و وداع با این دارفانی سرنوشت هر انسانی است و دیر یا زود آن اهمیت چندانی ندارد. در هر حال ملت ما در مبارزه خود پیروز خواهد شد.»
سپس دکتر فاطمی سفارش فرزند خود را نمود و پیشوای ملت را وکیل و وصی خود قرار داد.
دکتر شایگان گفته است: وقتی برای وداع پیشانیش را بوسیدم، متوجه شدم که بسیار گرم است و در آتش تبی شدید می سوزد. اعدام یک بیمار آنهم در آن حال در هیچ یک از کشورهای متمدن جهان سابقه ندارد.
دکتر فاطمی قبل از تیرباران خطاب به افسران اظهار داشت:
«آقایان افسران، در آخرین ساعت حیات هیچ محکومی در مقام تظاهر وعوام فریبی آنهم برای مامورین اعدام خود بر نمی آید. آنچه بشما در این ساعت که از حیات خود نومید و بمرگ خود یقین دارم، میگویم، از صمیم دل و از روی حقیقت و ایمان است. ما از نهضتی که در این کشور به پیشوائی دکتر مصدق شروع کردیم، هیچ قصد و غرض جز تامین عزت و استقلال مملکت و قطع نفوذ اجانب و سعادت و سربلندی ملت ایران نداشتیم.
ما در پی جاه و مقام و آش و پلو نبودیم. رهبرما هفتاد سال سابقه شرافت و تقوا و وطن پرستی و جهاد و مبارزه با قلدران و زورگویان داخلی و خارجی دارد و او در راه نجات ایران از همه چیز خود صرفنظر کرده و حاضر است تا آخرین قطره خون خود رابرای ایران بدهد.
آقایان افسران، کار کشور ما بر اثر صد سال استعمار بجائی رسیده بود که بیگانگان یک شاه را از روی تخت سلطنت برداشتند و شاه فعلی را بجای او گذاشتند.»
«آقایان افسران، میدانید چرا من کشته میشوم؟
من برای این کشته میشوم که اولین اقدام من در وزارت امور خارجه به دستور پیشوای نهضت ملی بستن سفارت و قنسول خانه های انگلیس در ایران بود و بنا به گفته پیشوای ما سرگذشت جبهه ملی باید سرمشق مردمی شود که در خاور میانه علیه مظالم انگلیس قیام می کنند. ولی من به هیچوجه مایوس نیستم و یقین دارم که خون من درس عبرتی برای هزاران جوان ایرانی شده و آنها با تائیدات خداوند متعال قادر و عادل انتقام این ملت ستمدیده را از استعمار انگلستان و ایادی ناپاک آن خواهند گرفت.»
«آقایان افسران، ما سه سال در این کشور حکومت کردیم و یکنفر از مخالفین خود را نکشتیم. برای اینکه ما نیامده بودیم برادر کشی کنیم. ما برای آن قیام کردیم که ایران را متحد کرده و دست خارجی را از کشور کوتاه کنیم. شاه فکر میکند با کشتن و زجر و شکنجه و حبس می تواند مردم ایران را مرعوب و مغلوب سازد. این اشتباه بزرگیست.
تکیه به سرنیزه توان کرد لیک / بر سر سرنیزه نشاید نشست.
این افسرانی که امروز اینجا ایستاده اند و این منظره رقت بار را مشاهده میکنند، یکروز علیه این دستگاه قیام خواهند کرد.
شاه باید از روزی بترسد که به سرنوشت لوئی شانزدهم و تزار روس و محمد علی میرزا و رضا خان مبتلا گردد.»
و سر انجام در تاریک روشن روز نوزدهم آبان ماه ۱۳۳۳ فریاد رسای آن یار وفادار مصدق راکه عاشقانه ایران را می ستود و دشمنان این سرزمین را خشم می ورزید، صفیر گلوله های چهار مامور شلیک برای همیشه در گلو خاموش ساخت.
اما چهره آن روزنامه نگار شجاع و دلیر، آن سرباز نهضت ملی ایران و آن یار صمیمی و وفادار و تسلیم ناپذیر مصدق بزرگ، جاودانه بر سینه تاریخ نقش بست و تربتش زیارتگه رندان آزاده این مرز و بوم گردید.
پیکر دکتر فاطمی پس از اعدام در ابنبابویه شهر ری و در جوار شهدای سی تیر به خاک سپرده شد.
دکتر پرویز داورپناه ــ ۱۹ آبانماه ۱۳۹۳