به دنبال یورش رژیم جمهوری اسلامی به سازمان در سال ۱۳۶۲، رفیق عباس جعفری مجبور شد که به زندگی مخفی روی بیآورد. او در طول زندگی مخفی با رفقای اعدامی خشایار خواجیان (فرامرز) ِ اسماعیل پورمحمدی (بهزاد) و حسن دشت آرا ارتباط داشته و فعالیت سازمانی را با فداکاری ادامه داد. اما در تهاجم وسیع به تشکیلات مخفی سازمان در سال ۱۳۶۵ دستگیر و زندانی شد. عباس در زندان شاهد کشتار هزاران زندانی سیاسی و از جمله رفقایش بود.
رفیق عباس در سال ۱۳۹۱ دختر نوجوانش صبا را از دست داد. صبا که دانشجوی رشته پرستاری بود، براثر سرطان از پا درآمد. تحمل این عم جانکاه به همراه از دست دادن بسیاری از رفقای نزدیکش در کشتار فاجعه بار سال ۱۳۶۷ در زندان های جمهوری اسلامی دردی بود که رفیق عباس تا آخر عمر از آن ها رنج می برد. او از سال ۱۳۹۱ دچار بیماری MS شد و در سن ۶۱ سالگی براثر این بیماری درگذشت.
شورای مرکزی سازمان فدائیان خلق ایران (اکثریت) درگذشت رفیق عباس جعفری را به خانواده، دوستان و همرزمانش و به رفقای سازمان تسلیت می گوید و برای آن ها آرزوی صبر و بردباری دارد.
دبیرخانه شورای مرکزی سازمان فدائیان خلق ایران (اکثریت)
۵ تیر ۱۳۹۸ (۲۶ ژوئن ۲۰۱۹)