چند ساعت بعد از انتشار خبر پیروزی ابراهیم رئیسی در انتخابات ریاست جمهوری، سازمان عفو بین‌الملل خواستار آغاز تحقیقات در مورد سوابق این شخص در ارتباط با “سرکوب خشونت‌آمیز” و “جنایت علیه بشریت” شد. از ابراهیم رئیسی بارها به عنوان “قاضی مرگ” یا عضو “کمیسیون مرگ” در اعدام‌های سال ۶۷ نام برده شده است.
در بیانیۀ سازمان عفو بین‌الملل که بعدازظهر روز شنبه ۲۹ خرداد منتشر شد، آمده است: “ابراهیم رئیسی به جای آن که در پرونده‌های جنایت علیه بشریت، قتل، شکنجه و ناپدید شدن افراد مورد تحقیق قرار گیرد، به ریاست جمهوری دست یافته است”… این وضعیت از نظر عفو بین‌الملل یادآور بی‌عدالتی و عدم مجازات مسئولان در نظام جمهوری اسلامی است.
عفو بین‌الملل رئیسی را به عضویت در “کمیسیون مرگ” متهم کرده است. اما رئیسی قبلاً این اتهام را رد کرده و گفته که هیچ نقشی در آن هیئت نداشته است. وی در عین حال از فرمان خمینی برای اعدام‌های گروهی دفاع کرده است. با اینحال، آیت‌الله منتظری صریحاً رئیسی را در مورد اعدامها مسئول دانسته و گفته بود که نام مسببان این اعدامها “در میان جنایت‌کاران تاریخ” خواهد ماند
عفو بین‌الملل می‌گوید که تا امروز، رژیم جمهوری اسلامی سرنوشت قربانیان و محل دفن (یا نابود کردن) اجساد را پنهان کرده است.
خانم آنیِس کالامار، دبیرکل سازمان عفو بین‌الملل می‌گوید: “ما بارها خواسته‌ایم که در مورد نقش رئیسی در جنایات گذشته و کنونی تحقیق صورت گیرد”. به گفتۀ او این تحقیقات باید مطابق قواعد حقوق بین‌الملل انجام شود.
گذشته از مسئولیت قضایی در اعدام‌های سال ۶۷، رئیسی به سرکوب خشن نیز متهم است. عفو بین‌الملل یادآوری می‌کند که در زمانی که ابراهیم رئیسی قوۀ قضاییه را در اختیار داشته، صدها معترض و مدافع حقوق بشر یا اعضای اقلیت‌ها، به طور خودسرانه قربانی سرکوب و خشونت شده‌اند. او همچنین متهم است که در پی اعتراضات آبان ۹۸، هزاران تظاهرکننده را بازداشت کرده است. صدها نفر از این افراد عملاً ربوده شده و به بازداشتگاه‌های نامعلوم انتقال یافته‌اند.
نام ابراهیم رئیسی از سوی آمریکا در فهرست سیاه ناقضان حقوق بشر نیز قرار گرفته است. بدین ترتیب در صورتی که رئیسی از کشور خارج گردد، می‌تواند تحت تعقیب واقع شود.
