خانم مظفریان نویسنده کتاب‌های « تیغ و سنت » درباره ختنه زنان در ایران و « حلقه نگاهی به کودک‌همسری در ایران» است. همچنین در کتاب گره به ازدواج‌های زودرس و عواقب آن می‌پردازد.
او بنیان‌گذار کمپین stopfgmmideast.org برای متوقف کردن ختنه زنان در ایران است که با هدف افزایش آگاهی در مورد خطرات ختنه زنان در مناطق مختلف ایران کار می‌کند.
کتاب «تیغ و سنت» اثر رایحه مظفریان، یکی از نخستین پژوهش‌های میدانی جامع درباره ختنه زنان در ایران است. این کتاب حاصل سه سال پژوهش میدانی در مناطق جنوبی ایران، به‌ویژه جزیره قشم، و بررسی دقیق ابعاد اجتماعی، فرهنگی، مذهبی و بهداشتی پدیده ختنه زنان است.
در این اثر، خانم مظفریان با بهره‌گیری از مصاحبه‌های عمیق با زنان، خانواده‌ها، فعالان محلی، و حتی افرادی که ختنه را انجام می‌دهند، تلاش می‌کند ریشه‌ها و باورهایی را که به بقای این سنت در برخی جوامع محلی انجامیده‌اند، آشکار سازد. او در این کتاب نه تنها به روایت‌های شخصی قربانیان پرداخته، بلکه نگاه جامعه‌شناختی خود را نیز بر تحلیل داده‌ها افزوده است.
از نکات برجسته این کتاب، بررسی نقش سکوت رسمی و عدم سیاست‌گذاری در سطح حاکمیتی در مورد این معضل است. همچنین مظفریان به نحوی انتقادی به سیاست‌های فرهنگی-مذهبی پرداخته که اجازه داده‌اند این رفتار خشونت‌بار همچنان در برخی مناطق ادامه یابد.
کتاب «تیغ و سنت» پس از دو سال انتظار برای دریافت مجوز انتشار، در نهایت در ایران غیرقابل چاپ اعلام شد و سرانجام در سال ۲۰۱۸ توسط نشر ناکجا در پاریس منتشر گردید. این کتاب به‌عنوان منبعی ارزشمند برای دانشجویان، پژوهشگران، فعالان حقوق بشر و علاقه‌مندان به مطالعات جنسیت و جامعه‌شناسی فرهنگ در ایران و خاورمیانه شناخته می‌شود.
رایحه مظفریان در حوزه‌های گوناگون از جمله مستندسازی نیز فعال است. از جمله آثار مستند او می‌توان به «سرخو » و «آفریده» اشاره کرد. مستند «سرخو» به موضوع ختنه زنان در ایران می‌پردازد و تلاش می‌کند تا تأثیرات فردی و اجتماعی این عمل را نشان دهد. مستند «آفریده» به تهیه‌کنندگی و کارگردانی رایحه، روایتی از زندگی نازنین، دختر جوانی مبتلا به بیماری سندروم آشر است. این مستند تلاش‌های مادر او، جمیله آفریده، را در مسیر آموزش و پرورش فرزندش با وجود محدودیت‌های ناشی از بیماری نشان می‌دهد. این فیلم در جشنواره بین‌المللی فیلم پرواز نیز حضور داشته است.
رایحه مظفریان همچنین در زمینه ورزش‌های زورخانه‌ای فعالیت دارد و از جمله بانوانی است که برای حضور زنان در ورزش‌های سنتی و ورزش زورخانه ای تلاش می‌کند. او معتقد است که ورزش زورخانه‌ای، ورزش ملی و مذهبی ایران است و بانوان نیز حق دارند، در این ورزش شرکت کنند. او با اشاره به تفاوت‌های موجود در استان‌های مختلف، تأکید دارد که باید شرایطی فراهم شود تا بانوان علاقه‌مند بتوانند در فضایی مناسب به تمرین بپردازند.
رایحه مظفریان با فعالیت‌های گسترده و متنوع خود در حوزه‌های اجتماعی، فرهنگی و ورزشی، نقش مهمی در آگاهی‌بخشی و تغییر نگرش‌های جامعه نسبت به مسائل حساس ایفا کرده است. تلاش‌های او در مستندسازی، پژوهش و فعالیت‌های اجتماعی، الگویی برای کنشگران اجتماعی در ایران و سایر کشورها محسوب می‌شود.
گروه کار زنان سازمان فداییان خلق ایران (اکثریت)
