بەرغم تمامی اعتراض‌های مردمی و با وجود هشدارهای مکرر نهادهای حقوق بشری، حکم اعدام یاور محمد ثلاث در سحرگاه روز ۲۸ خرداد اجرا شد. سازمان حقوق بشر ایران غیر از آن‌که مجازات اعدام را در کلیت آن غیرانسانی می‌داند، بر این نکته پافشاری می‌کند که اصول پایه‌ای دادرسی عادلانه در محاکمه این درویش گنابادی لحا‍‍‍ظ نشده است.
محمود امیری مقدم، سخن‌گوی سازمان حقوق بشر ایران، گفت: «دستگاه قضایی جمهوری اسلامی ایران نه تنها به موارد شکنجه متهم پیش از بازجویی و اعتراف‌گیری رسیدگی نکرده است، بلکه اصرار وکیل مدافع و خانواده آقای ثلاث را بر وجود مدارک جدید دال بر بی‌گناهی او نادیده گرفته و اعاده دادرسی را نپذیرفته است. با توجه به روند دادرسی غیر عادلانه، و پافشاری محمد ثلاث بر بی گناهی خود، او بی گناه اعدام شد. مسؤولیت این اعدام بر عهده مسؤولین جمهوری اسلامی، به خصوص رهبر نظام علی خامنه‌ای است و آنان باید در قبال این جنایات پاسخگو باشند.»
سازمان حقوق بشر ایران همچنین از دولت‌های اروپایی به ویژه کشورهای عضو اتحادیه اروپا و نروژ می‌خواهد که در راستای مقابله با نقض حقوق بشر در ایران نقش فعال‌تری ایفا کنند.
محمود امیری مقدم تأکید کرد: «شاید فشار بین‌المللی بیشتر، می‌توانست محمد ثلاث را از اعدام نجات دهد. جامعه جهانی، به‌خصوص کشورهای اروپایی، می‌بایست به این نقش و مسؤولیت خود واقف باشند و در راستای جلوگیری از اعدام و دیگر موارد نقض حقوق بشر، تلاش بیشتری کنند.»
