چهارمین روز کنگره، پس از استماع نطق پیش از دستور ۳ تن از حاضران، کار رسمی خود را با تصمیمگیری در مورد طرح سند “ارزشها …” آغاز کرد. پیشنهاد کمیسیون مربوطه به کنگره این بود که تصمیمگیری در این باره را به اخذ رآی تمایل محدود کند. پس از بحث موافق و مخالف، نسبت به اخذ رأی تمایل به طرح سند اقدام شد. نتیجه آرا به قرار زیر بود: موافق: ۸۹ درصد، مخالف: ۵ درصد، ممتنع: ۶ درصد به دنبال این تصمیم، کنگره گزارش هیئت نظارت مالی را شنید. گزارش بر کار مثبت کمیسیون مالی تأکید داشت و توامأ مواردی را برای بهبود کار و وضع در این عرصه تصریح می کرد. متعاقباً طرح سند سیاسی در دستور کار کنگره قرار گرفت. ابتدا مخبر کمیسیون در مورد کار مجدد انجام یافته روی طرح سند، پیشنهادهای پذیرفته شده و نشده گزارش داد. تیتر پیشنهادی کمیسیون، که با تعداد قابل توجهی پیشنهادهای بدیل نیز همراه بود، سیاست ما در قبال بحران هسته ای و سیاست خارجی جمهوری اسلامی جزئیاتی از سند بودند که مورد بحث تفصیلی نمایندگان کنگره قرار گرفتند. پس از تعیین نظر کنگره در این موارد و دیگر جزئیات طرح سند سیاسی، کلیات سند به رأی کنگره گذاشته شد. نتیجه آرا در مورد سند سیاسی به قرار زیر شد: موافق: ۹۲ درصد، مخالف: ۵/۱ درصد و ممتنع ۵/۶ درصد. چنین درصد بالائی از موافقان حول یک سند سیاسی در کنگره های سازمان بی سابقه بوده است.
پس از تصویب سند سیاسی نوبت به تصمیمگیری حول طرح اولویتهای فعالیت آتی سازمان بود. مخبر کمیسیون گزارش کار نهائی روی طرح را ارائه داد. پس از پاسخگوئی به سؤالات و رسیدگی به جند پیشنهاد، طرح سند به رأی گذاشته شد، که به اتفاق آرا از تصویب کنگره گذشت. انتخاب ارگانها مهمترین دستور باقیمانده برای کنگره بود. اما پیش از پرداختن به این مورد، بایست به چندین تکمله و قرار نیز رسیدگی می شد. مهمترین این موارد: -تکمیل مواضع سازمان در موضوع زنان و کودکان: این طرح تکمیلی که بر پیوستن بی قید و شرط دولت ایران به کنوانسیون حذف کلیه اشکال تبعیض علیه زنان، مقابله با هرگونه اعمال خشونت علیه زنان و تصویب پروتکل الحاقی کنوانسیون حقوق کودک ناظر بر ممنوعیت بی قید و شرط شرکت کودکان در مناقشات مسلحانه تأکید داشت با اکثریت قریب به اتفاق آرا به تصویب رسید. -مورد دیگر قرار انتشار سامانیافته اسناد سازمان تا مقطع نخستین کنگره سازمان بود. این قرار نیز که توسط شورای مرکزی دوره یازدهم تصویب و به کنگره پیشنهاد شده بود، با اکثریت قاطع آرا تصویب شد. چنان که اشاره شد، موضوع باقیمانده از دستور کار کنگره انتخاب ارگانها بود. با توجه با رأی تمایل کنگره به طرح جدید آئین نامه کنگره، در این کنگره “هیئت تدارک کنگره سیزدهم” نیز بایست انتخاب می شد. کنگره، پس از رسیدگی به پیشنهاد تقلیل اعضای شورا به ۱۷ نفر، به دلیل برابری آرا برای ۱۷ و ۱۹ نفر، همان ۱۹ را به عنوان تعداد اعضای شورا پذیرفت. همچنین به پیشنهاد دایر بر دادن “رأی کامل” به جای “رأی شکسته” رسیدگی کرد و طریق “رأی کامل” را اختیار کرد (در طریق “رأی کامل” هر رأی دهنده می تواند به تعداد اعضای ارگان مربوطه از میان نامزدها انتخاب کند. در طریق “رأی شکسته” انتخاب کننده تعدادی کمتر از تعداد اعضای ارگان مورد نظر را می تواند انتخاب کند).
پس از تکمیل کار اخذ کاندیداتوری، که از ساعتهائی پیشتر آغاز شده بود، و معرفی کاندیداها، انتخابات برای ارگانها زیر به انجام رسید: -شورای مرکزی -هیئت رسیدگی به شکایات و داوری (رشد) -هیئت نظارت مالی -هیئت تدارک کنگره سیزدهم. کنگره با قدردانی از کار تعدادی از رفقا که در روزهائی که کنگره جریان داشت زحمات بسیاری را متحمل شدند و نیز از کار بی بدیل رفیق مسئول هیئت سیاسی-اجرائی دوره یازدهم، و با رسیدگی به تقریباً تمام آن چه در دستورکار خود گذاشته بود، به کار خود خاتمه داد. تن ها شاید خسته، اما چشم ها حکایت از خوشنودی و امید داشتند.